根据事物的同和异把事物集合成类的过程，即称为分类。分类的方法，是人们认识和区分事物的一种常用的方法。中药的分类，就是根据中药同和异将其分成不同的类别，从而达到掌握药物特性和更好地利用药物的一种方法。不同的学科根据不同的目的，采用切合实际的分类方法，将众多无绪的药物进行系统的分门别类，对于中药的认识、掌握和利用，可以提高效率和提供许多的便利。
中药的分类，有着悠久的历史。早在《周礼·天官》就有“以五味、五谷、五药养其病”的记载，对于其中的“五药”，汉代郑玄注曰“五药：草、木、虫、石、谷。”可见在汉代已有对药物进行分类的论述。在本草书籍中，分类的记载始见于《神农本草经》，书中根据其药性、功效、毒性等特性，将365种药物分别归纳为上品、中品、下品三类。此后，梁代陶弘景在其所著的《本草经集注》中，在“五药：草、木、虫、石、谷”的基础上，进一步将730种药物分为玉石、草木、虫兽、果、菜、米食及有名无实等七类，从而确立了中药按自然属性的分类方法。越到后世，不仅分类的方法越来越多，越来越完善；而且分类的理论也越来越丰富。
中药分类的方法虽然很多，但传统的分类方法，概括起来可分为两大系统：即药性分类法和自然分类法。
药性分类法，是根据中药药性、功效等特性进行分类的一类分类方法。因为它有利于医家掌握药物性能，故为历代医家所习用。性能是药物有别于其他物质的最大特性，因此大多数本草书籍的分类，都少不了用它来进行归纳。这也是多数按自然属性分类的本草书籍，仍保留了三品分类方法的原因。
药性分类法，首创于《神农本草经》，它的三品分类法，以“上药……为君，主养命以应天，无毒，多服久服不伤人”，“中药……为臣，主养性以应人，无毒有毒”，“下药……为佐使，主治病以应地，多毒，不可久服” 为其分类的理论依据。虽然分类比较简略，但对临床有一定的指导意义。在本草典籍中，三品分类开创了药物分类的先河，因此对后世影响深远。虽然梁代陶弘景创立了按自然属性分类的方法，但一直到唐宋金元，历代修订本草，仍然保存了三品分类的属性，并以之作为分类的依据。即使是李时珍的《本草纲目》彻底打破了三品分类的方法，但仍在药名下对《本经》、《别录》药物的三品属性作了注释。然而由于药物的日益增多和对药物认识上的不断深化，这种分类方法的局限性便日见暴露出来，单凭三品分类的方法已不能适应客观需要。后世医药学家，结合临床实践不断总结出了更为切用的分类方法。如唐代陈藏器在《本草拾遗》中，首创了“十剂”分类法，根据药物功效归纳为“宣、通、补、泄、轻、重、涩、滑、燥、湿”十类。它的分类理论是：“宣可去窒，……通可去滞，……补可去弱，……泄可去闭，……轻可去实，……重可去怯。……涩可去脱，……滑可去著，……燥可去湿，……湿可去枯”。这对于临床用药具有很好的指导作用。金元期间的李东垣，将临床常用的100余种中药，根据升降浮沉的理论，将其分成五类。又署名为李东垣而实为后人所托的《药性赋》，则按药物四性(寒、热、温、平)进行分类。尤其是明、清以来，医药学家们相继总结了不少临床实用的功效分类方法。如明代王纶在其所著的《本草集要》中，将药物按功效分列为治“气、寒、血、热、痰、湿、风、燥、疮、毒、妇人、小儿”等12门。每一门中又分若干小类，如治气门分“补气清气温凉药、行气散气降气药、温气快气辛热药、破气消积气药”4类等。这种分类比较具体而详细，无疑是一大进步。李时珍结合自己长期的临床实际，在其《本草纲目》中总结了“脏腑虚实标本用药式”，将药物的功效结合脏腑受病的标本、寒热、虚实进行综合归类。清代黄宫绣的《本草求真》，对药物功效分类的贡献最大，他首先将药物分成“补剂、收涩、散剂、泻剂、血剂、杂剂、食物”七大类；而在每大类下又分若干细类，如补剂分为“温中、平补、补火、滋水、温肾”；血剂分为“温血、凉血、下血”等。李氏、黄氏的分类法，不仅对于临床医师辨证论治，遣药组方具有很好的指导意义，而且对近代中药功效分类也有深远的影响。
清代以来，除上述分类之外，还出现了按经络、脏腑以至脉象对药物进行分类。以经络分类的，有姚澜的《本草分经》；以脏腑分队归类的，有凌奂的《本草害利》、江笔花的《笔花医镜》，他们先用脏腑分队，各队再按药性分补、泻、凉、温，再分猛将、次将；按脉象分类的，有龙柏的《脉药联珠·药性考》等。这些分类方法，虽以脏腑、经络为纲，但仍以药性为依据，故仍属药性分类法的范畴。这些方法，各有特点，由于它们与临床实践结合较紧，因而多为临床医家们所采用。
自然属性分类，是根据药物的自然属性对其进行分类的方法。《周礼·天官》中的“五药”,虽然汉代郑玄注为“五药：草、木、虫、石、谷。”但没有具体药物的归属。因此按自然属性分类的方法，仍应视为陶弘景所首创。他在《本草经集注》中，将《本经》、《别录》730种药物分为玉石、草木、虫兽、果、菜、米食及有名无实七类，这种方法，虽然较为简略，但却成为后世修订本草分类的基础。如唐代的《新修本草》、宋代的《开宝本草》、《嘉祐本草》、《证类本草》等综合性本草，都是以《本草经集注》的分类方法，加以扩充、增加而成的。直至明代李时珍的《本草纲目》，才对它作了全面和较大的改革。他提出了一套完整的分类理论。他采用“析族、区类、振纲、分目”的方法，以“各列为部，首以水火，次之以土，水火为万物之先，土为万物之母也。次之以草、谷、菜、果、木，从微至巨也。次之以服器，从草木也。次之以虫、鳞、介、禽、兽，终之以人，从贱至贵也。” 作为他的分类理论基础。将收载的1892种药物，先按“析族振纲”，分为16部，然后“区类分目”，按药物的形态、习性、生态环境和经济用途等，再分为60类。如草部又分为山草、芳草、隅草、毒草、蔓草、水草、石草、苔类、杂草；木部又分为香木、乔木、灌木、寓木、苞木、杂木等。建立起当时最为先进、比较完整的分类系统。《本草纲目》自然分类体系建立后，就成为传统中药自然属性分类法的典范。在其后问世的重要本草著作如《本草正》、《本草备要》、《本草纲目拾遗》、《本草从新》等，都基本上沿用它的自然属性分类方法。
随着现代科学技术的传入，中药新兴学科的建立，一些现代科学的分类方法也被引进中药的分类。诸如中药功效分类、药用部位分类、植物学分类、动物学分类、矿物学分类、中药化学成分分类等方法。近年所编辑的有关教材及书籍，多根据其学科的性质不同，而分别采用不同的现代科学分类方法。如现代的临床《中药学》，采用中药功效分类法；《中药鉴定学》采用药用部位分类法；《新华本草》、《中华本草》等综合性本草，则采用植物学分类法、动物学分类法等；《中药化学》就采用化学成分分类法。这些分类方法应用，都提高了它们的科学性和实用性。