孔融是在建安元年之末离开北海去朝中任职的。来到许都，他先是做将作大匠，后迁九卿之一的少府。起初他与曹操的关系还算不错，曾有诗赞操“从洛到许巍巍，曹公辅国无私”。但随着时间的推移，孔融发现曹操已将献帝架空，特别是建安五年那场宫廷血案之后，两人的关系便急遽恶化。最令曹操不能容忍的，也许是关于“酒禁”的争论。最终，“曹操杀太中大夫孔融，夷其族”。
三番五次嘲讽曹操孔融曹操关系恶化
孔融与曹操关系恶化的表现，比如孔融曾上过一篇《宜准古王畿(jī)之制》的表文，主张“千里寰内，不以封建诸侯”，意即京都周围，千里以内的地方须归朝廷直接管辖。其目的非常清楚，那便是尊崇献帝，扩大汉室实权，限制曹操势力之膨胀。须知曹操当时正封着“吴平侯”，而武平属陈郡，距许都仅三百里左右。曹操读过这份表文一定会想：孔融岂不是要我徙封搬家，到边远地方去享受食邑吗？……
建安九年八月，曹操决漳河之水攻克邺城。冀州秩序尚未安定，其大公子曹丕便急不可耐地闯进袁氏内宅，对袁熙的美妻甄氏动手动脚。曹操听到消息不仅不予以阻止，反倒亲派车仗为丕迎娶甄氏。此事传扬开来，士大夫多所诟病，但都敢怒而不敢言。而唯独孔融，按捺不住怒火，竟给曹操写去一信。信中有句“武王伐纣，以妲己赐周公”，说得没头没脑，曹操莫解其意。待数日后，操与融路上相遇，遂借机请教：“武王以妲己赐周公之句，未知出何经典？”孔融便呵呵一笑：“以今度之，想当然耳！”曹操这才晓得孔融是用自造的“典故”嘲讽了自己。
还有一次，曹操亲率大军北征乌桓，凯旋途中“东临碣石，以观沧海”，写出了千古不朽的诗篇。是时文武百僚远出接驾，能赋善诗者更极尽阿谀奉承之能事。而唯独孔融，此刻却给曹丞相呈上一函。曹操原以为这也是歌功颂德的诗赋呢，岂料展开一看，却写着：“大将军远征，萧条海外。昔肃慎不供楛(hù)矢，丁零盗苏武牛羊，可并案也。”曹操当然明白信里的意思，无非讽刺他穷兵黩武，劳民伤财，就像古代肃慎氏不向周武王贡献楛木箭、苏武在北海边牧羊时丁零国民偷窃他的牛羊似的。(此等草芥小事，怎值得大动干戈！)
粮食短缺，曹操禁酒遭到孔融反对
据《后汉书·孔融传》说：建安年间，因天灾和战争造成粮食短缺，曹操“表制酒禁”，而孔融反对禁酒，“频书争之”。这里说的“书争”，就是用书信的方式展开辩论。且请看孔融传世的《与曹丞相论酒禁书》：
“夫酒之为德久矣。故先哲王，类帝禋(yīn)宗，和神定人，以齐万国，非酒莫以也。故天垂酒星之耀，地列酒泉之郡，人著旨酒之德。尧不千钟，无以建太平;孔非百斛，无以堪上圣。樊哙解卮鸿门，非豚肩钟酒，无以奋其怒;赵之厮养、东迎其王，非饮卮酒，无以激其气。高祖非醉斩白蛇，无以畅其灵;景帝非醉幸唐姬，无以开中兴;袁盎非醇醪之力，无以脱其命;定国不酣饮一斛，无以决其法。故郦生以高阳酒徒，著功于汉。屈原不酺(pú)醩(zāo)歠(chuò)醴(lǐ)，取困于楚。由是观之，酒何负于政哉！”
这封“书”气势恢宏，言词激烈。起题即提出“酒之为德”，随之对准曹操所持有的“酒之为祸”的观点，进行了有理有据的辩驳。他说：天上有“酒星”，地下有“酒泉”，人间有“旨酒”，可见酒于天、地、人，皆重要无比不可或缺。且让我们看看历史上那些伟大的人物吧：如果尧帝没有饮过千钟酒，那他就不可能建立太平社会;如果孔子不能饮百斛酒，那他就不可以被称作圣人的。再说樊哙，如果没有豚肩和酒，他就不会在鸿门宴上奋起舞剑;义士们私养“赵氏孤儿”，后来让他坐上王位，全仗那一卮酒所激起的雄气。而汉高祖若不醉酒，就没法斩杀白蛇开创一代帝业;汉景帝若不醉“幸”唐姬，也就谈不上什么中兴;再说袁盎(即爰盎)呢，若没有醇酒的力量，他肯定不能逃脱性命;于定国若没有一斛的酒量，大概也无法清醒正确地断案执法。所以说，高阳酒徒郦食其著功汉朝，全都是他能饮酒的缘故;相反的，屈原不能饮酒，方使他在楚国遭遇窘困。由此看来，酒啊，它是不可以为政治上的错误担负罪名的呢！……
曹操收到这封“论酒禁书”，当然要予以回答。今天我们已无缘一睹曹操的回信，但却能有幸读到孔融的“再答”。在“再答”中孔融说道：
“昨承训答。陈二代之祸，及众人之败，以酒亡者，实如来诲。虽然，徐偃王行仁义而亡，今令不绝仁义;燕哙以让失社稷，今令不禁谦退;鲁因儒而损，今令不弃文学;夏商亦以妇人失天下，今令不断婚姻。而将酒独急者，疑但惜谷耳。非以亡王为戒也。”
如果说孔融的第一封书信，其文字还能让曹操当“花枪”来欣赏的话，《再答》的文字却如蘸了毒液的利剑，一下子就刺中了曹操的命门。且看：“而将酒独急着，疑但惜谷耳。”说得没错，曹操之所以禁酒，就是为节约粮食，用于战争。但这话谁都不能讲，因为严格说来，这似乎牵扯到了“军事机密”。若干年后，杨修也正是因“鸡肋”为口令而猜到了曹操的意图，结果被曹操斩首示众的。于是曹操先让御史大夫郗虑向孔融发难，“以微法奏免融官”。
过了一年多，孔融复拜太中大夫。其虽处“闲职”，却未收敛锋芒，而是高调处世，让“宾客日盈其门”;并且他还沾沾自喜曰：“座上客恒满，樽中酒不空，吾无忧矣！”这分明就是向曹操的挑战。更有甚者，兴之所至，他总要想起被王允砍了脑壳的蔡邕(即蔡文姬之父)。鉴于斯人已去，无法再生，他竟别出机杼，找了一个与蔡邕面目酷肖的“虎贲士”(即卫士)，让其穿上蔡邕生前常穿的衣服，然后入席参加酒会……如此怪谲之举让曹操愈加不快，从而下定了除掉他的决心。
于是在《后汉书·孝贤帝纪》里，我们看到了这样一句话：“建安十三年八月壬子，曹操杀太中大夫孔融，夷其族。”
关于孔融之死，《后汉书·孔融传》还说：融有一子一女，“女年七岁，男年九岁，以其幼弱得全，寄他舍。二子方弈棋，融被收而不动。左右曰：‘父执而不起，何也？’答曰：‘安得巢毁而卵不破乎！’”但故事到此并未结束。《后汉书》接着说：在孔融的孩子们寄居的那户人家，主人有吃剩的肉汁，男孩因又急又渴，很想饮一点肉汁，却不料女孩，就是他的妹妹，竟呵斥道：“你知道我们还能活多久？难道你还想尝尝肉的滋味吗？”于是那男孩不得已“号泣而止”。没过多久，就有人将孔融子女的事情报告曹操。操颇感震惊。震惊之余，他决定斩草除根，不留后患。遂将只杀孔融一人，改变为“灭其族”。
孔融“罪状”被说成不忠不孝
说到这里，孔融的故事应该彻底结束了吧？但很遗憾，仍没有。因为孔融的“死因”是一个很大的谜团，这牵扯到犯人的“罪状”问题。史书上闪闪烁烁，似藏又露，令人费解。有论者认为，孔融是因为反对禁酒而被灭族的，但有意思的是，“罪状”里却压根没提一个“酒”字。在《后汉书·孔融传》里，倒是有着这样的记载：曹操既积嫌忌，而郗虑复构成其罪，遂令丞相军谋祭酒路粹枉状奏融曰：“少府孔融，昔在北海，见王室不静，而召合徒众，预规不轨，云：‘我大圣之后，而见灭于宋，有天下者，何必卯金刀？’及于孙权使语，谤讪朝廷。又融为九列，不遵朝仪，秃巾微行，唐突宫掖。又前与白衣祢衡跌荡放言，云‘父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳。子之于母，亦复奚为？譬如寄物缶中，出则立矣’。既而与衡更相赞扬，衡谓容曰‘仲尼不死’，融答曰‘颜回复生’。大逆不道，宜极重诛。”书奏，下狱弃市。时年五十六，妻、子皆被诛。
这就是说，由路粹(这也是大文人，但论“文名”不及孔融，亦不在“建安七子”之列)整理的罪状，所列举的孔融之罪共有四条，其中最重的是一、四两条。其一：孔融在北海任职期间，曾经有“召合徒众”谋反汉朝的言行。其所谓的“卯金刀”，指的就是“卯金刀”所组成的繁体汉字“劉”(刘)。该条“罪状”的意思是，“孔融认为他乃孔圣之后，天意欲令孔氏取代刘家天下”云云。但这话一听就叫人发哂，因为它绝对不像孔文举所说的话，倒颇像“黄巾贼”的口吻。其四，单就“子之于母”、“父之于子”的关系，在哲学的意义上讲孔融和祢衡都没有错。曹操自然也读过几本古书，他不会不晓得孔、祢之论仅只是“理论”上的探讨而已。王充在《论衡》里就曾说过类似的话：“夫妇合气，非当时欲得生子，情欲动而合，合而生子矣。”然而曹操一定要将其列为罪状，原因无它，正如鲁迅先生所说，“魏、晋以孝治天下”，而孝，有时看得比忠都重要。孔融实际上就是魏国创建者曹操以“孝”杀人的第一例。于是荒谬而滑稽的事情发生了：一个罪犯，不是在其生前被告知他触犯了哪条律法，而是在死后“接”到了如上那份“罪状”。其实这“罪状”压根就不是为孔融写的，说到家，它无非是安抚那些为孔融抱不平的人罢了。
这一次曹操做得相当老道。他首先授意路粹写了一封检举信——就是上面的“书奏”。该“书奏”中所列之孔融四罪，不仅无一字与曹操或禁酒相关，而且桩桩件件都涉及到了“忠”、“孝”二字。须知古人特别是士大夫阶层最为重视的便是忠孝，而国家法律以最重刑罚所捍卫的亦是忠孝。抓住了犯人的不忠不孝，那就是击中了蛇的“七寸”。所以这份新版的检举信应该说相当精彩。
但“精彩”者不唯如此，还有后来的“宣判书”，即以国家名义向全国军民所颁发的“文告”。且看《魏书.崔琰传》注引的《魏氏春秋》：“融有高名清才，世多哀之。太祖(曹操)惧远近之议也，乃令曰：‘太中大夫孔融既伏其罪矣，然世人多采其虚名，少于核实……融违天反道，败伦乱礼，虽肆市朝，犹恨其晚。更以此事列上，宣示诸军将校椽属，皆使闻见。”此“文告”值得注意的有两点：一是孔融之罪乃“违反天道，败伦乱礼”;二是所颁发的范围重在军队(“诸军将校椽属”)，而非郡县。看来曹操之“惧”，主要在乎军人。
然而，纵使曹操苦心孤诣，在杀掉孔融后作了一系列补救性措施，而他也自认为这些措施天衣无缝，会将他的罪恶包藏得严严实实;但这毫无作用。事实上在他所建立的魏国灭亡不久，敢说话的史家就开始怀疑，孔融之死该是他得罪了曹操的缘故。而社会发展到宋代，有一位气质秉性与孔融差不多的大文豪，就是苏轼，对于孔融之悲剧痛心疾首，对曹操之卑劣则恨得咬牙切齿。他写过一首《孔北海赞》：“文举在天，虽亡不死。我宗若人，尚友千祀。视公如龙，视操如鬼。”(《东坡集》卷三十)
鲁迅先生在《而已集》中对孔融事件亦有很长一段评论。先生在揭露了曹操杀孔融是因其“专喜和曹操捣乱”之后，再以他特有的幽默说道：“倘若曹操在世，我们可以问他，当初求才时就说不忠不孝也不要紧，为何又以不孝之名杀人呢？然而事实上纵使曹操再生，也没人敢问他，我们倘若去问他，恐怕他把我们也杀了！”