第一道遗嘱
公元1219年，成吉思汗因花剌子模帝国(乌孜别克撤马尔罕)一再挑衅，连续杀掉了他所派的一百名商队人员及多名使者，非常愤怒，决定亲自出征。此时，成吉思汗早已统一了蒙古，建立了强大的帝国，并沉重地打击了西夏与金国，夺取了金国的中都(北京)，但这一次却是他发动的第一次西征。所以，成吉思汗此次出征，带有很大的风险，妃子也遂向成吉思汗进奏：
“大汗您，越高山，渡大河，长途远征，只想平定诸国。但有生之物皆无常，一旦您大树般的身体突然倾倒，您那织麻般团结起来的百姓，交给谁掌管？一旦您柱石般的身体突然倾倒，您那雀群般的百姓，交给谁掌管？您所生的杰出的四子中，您托付给谁？这事该让诸子、诸弟、众多下民、后妃们知道。谨奏告所思及之言，请大汗降旨。”
成吉思汗一听，觉得有道理。继承人的事关系着整个蒙古汗国的前途，确实应该有所交代。
于是，成吉思汗降旨说：
“也遂虽是妃子，但她说的话很对。弟弟们、儿子们，孛斡儿出和木合黎，你们谁也没有提出过这样的话。而朕因为不是继承祖先的汗位，(是自己打的天下，)竟没有想到(确定继承人)。朕还没有遭遇到死亡，竟忘了老死这个事。儿子们之中，拙赤你是长子，你怎么说？你说吧。”(《蒙古秘史》第254节)
这便是第一道遗嘱最初的源头。
成吉思汗有39名后妃，地位最尊贵的是他的结发妻子――大皇后孛儿台旭真。孛儿台旭真生了四个儿子：长子拙赤、次子察合台、三儿子窝阔台和幼子拖雷，他们都在蒙古帝国中担任要职，均带领着相当数目的蒙古骑兵，并在四处征战中树立了权威、增强了实力。“成吉思汗替他们各自选择了一项特殊的职务。他命长子拙赤掌狩猎，这是蒙古人的重要游乐，很受他们的重视。次子察合台掌札撒和法律，既管它的实施，又管对那些犯法者的惩处。窝阔台他选择来负责智力、谋略的事，治理朝政。他提拔拖雷负责军队的组织和指挥，及兵马的装备”(《史集》)。可以说，成吉思汗的这四个儿子分管了蒙古汗国的礼乐、司法、朝政、军事四方面的大权。
尽管蒙古汗国没有立嫡长子为太子的传统，但四兄弟当中，拙赤毕竟年长并功绩卓著，所以，成吉思汗首先询问他的意见。然而，拙赤还未回答，察合台抢先大声嚷嚷起来：“父汗让拙赤说话，莫不是要传位给他？我们怎能让这蔑儿乞惕野种管治？”
察合台称自己的兄长为“蔑儿乞惕野种”，这句话如针尖一般刺激了拙赤。原来，拙赤的出身一直很有争议。当年，铁木真(成吉思汗的本名)的力量还不够强大的时候，孛儿台旭真被蔑儿乞惕人俘虏，并被收娶为别人的妻子。数月后，铁木真借助札木合、王汗的大军消灭了蔑儿乞惕部，孛儿台旭真得以返回成吉思汗身边。而拙赤本人，就是孛儿台旭真在返回的归途中所生。因为时间的凑巧，正好是九个月的时间，拙赤究竟是孛儿台旭真在被俘前所怀还是被俘后怀上的，一直众说纷纭。这关系着拙赤是不是成吉思汗儿子的重要问题。尽管成吉思汗对待拙赤和对待其他三个儿子没有任何差别，但无论拙赤本人，还是另外三个儿子，都免不了有自己的想法。
拙赤也是个血性的蒙古汉子，怎受得了察合台这样当众的侮辱，站起来就揪住察合台的衣领，说：“我从来没有听到父汗有对我另眼相看的话，你怎么能把我当成外人？你有什么本领胜得过我？你只不过脾气暴躁而已。”
接着，拙赤提出了挑战：“我同你比赛远射，如果我败给你，我就割断拇指扔掉！我与你比赛摔跤，如果我败给你，我就倒在地上永不起来！”
说到这儿，拙赤向成吉思汗请示：“儿臣愿听父汗圣裁。”
两人就这么僵持着。成吉思汗却没有马上表态。
旁边的阔阔搠思出面劝说，他虽然表面上指责察合台鲁莽，不可以这样责怪热爱你的母亲，令她伤心。但暗中却点出拙赤并非成吉思汗之子。阔阔搠思是成吉思汗的老部下，但现在正受命辅助察合台。
成吉思汗这才说道：“怎么可以这样说拙赤呢？拙赤不是朕的长子吗？以后不许说这样的话！”
察合台听父汗说话了，不再揪扯，转而笑着说道：“拙赤的气力、本领，就不用说了。父汗的长子，是拙赤和我两人。我们愿意一起为父汗效力。谁如果躲避，大家一起把他劈了。谁如果落后，大家一起砍断他的脚后跟。”他虽是这么说，但还是暗中下套，不愿意拙赤成为新汗王，于是提议：“窝阔台敦厚谨慎，我们大家都推举他吧。让他在父汗的身边，接受继位者的教育。”
成吉思汗的儿子们当中，察合台与窝阔台之间有着亲密的情谊。窝阔台本人，则以公正、坚强、宽宏大量、聪明能干而著称。成吉思汗要为帝国确立新的元首，其基本原则就是从诸子中挑选最贤能者。他认为窝阔台确实是合适的人选，但仍然不急于表态，他问拙赤：“你是什么态度？”
这种情况下，即便拙赤不服气，又怎能再为自己说什么话呢，只好回答：“察合台已经说了。我和察合台二人，愿意一起效力，共同推举窝阔台。”
接下来，成吉思汗问窝阔台：“你是什么意见？”
窝阔台自然非常高兴，说：“父汗降恩让我说话，我能说什么呢？我能说自己不行吗？今后我尽自己的能力去做吧！”
成吉思汗对窝阔台的表态很满意，点头说：“窝阔台，你的话正合我的心意。”
然后，他将目光转向小儿子拖雷，问拖雷有什么意见。
拖雷毫不迟疑地回答：“我愿辅佐父汗指定的继位者。我会在他的身边，把他忘记的事告诉他，在他睡着的时候叫醒他。我愿做应声的伴从，做策马的长鞭。愿为他长途远征，愿为他短兵搏战！”
成吉思汗发出爽朗的笑声：“说得好！”于是郑重地降旨：
合撒儿的子孙让一个人(继承)掌管，阿勒赤歹、斡惕赤斤、别勒古台的子孙都让一个人(继承)掌管，朕的子孙也让一个人(继承)掌管。大家如果不违背朕的旨意，不毁掉朕的旨意，你们就不会有过错，不会有失误。(《蒙古秘史》第255节)
就这样，成吉思汗把继承人拟定为窝阔台。
成吉思汗在立下这些遗嘱后，就开始了第一次西征。在其强大的攻势下，花剌子模被征服了。
公元1227年，成吉思汗终于在征伐的途中病倒。一天晚上，他忽然做了一个奇怪的梦，据此，他意识到自己将不久于人世，于是派人将驻兵于附近的儿子窝阔台与拖雷召到身边，郑重地立下临终遗嘱：
“吾儿，父殆至寿终矣。赖长生天之助力，吾已为汝等建此大帝国。自国之中央达于四方边极之地，皆有一年行程。设若汝等欲保其不致分解，则必同心御敌，一意为汝等之友朋增加富贵。汝等中应有一人承大位。吾死后，汝等应奉窝阔台为主，不得违我遗命。察合台不在侧，应使其勿生乱心。”
此时，成吉思汗的四个儿子中，拙赤已去世，窝阔台最大的威胁者消失了。察合台一直拥护窝阔台，成吉思汗死后仍然如此。拖雷本人也多次强调自己对窝阔台的拥护。所以，窝阔台的继位似乎是毫无悬念的。
但是，按照游牧民族“幼子守产”的习惯法，在成吉思汗逝世后，小儿子拖雷实际上继承了成吉思汗本人所统领的诸部及大部分军队。就以漠北12.9万的漠北自由民骑士为例，成吉思汗诸子诸弟共分得2.8万，其余的10.1万人都属于成吉思汗，成吉思汗死后则全部属于拖雷。这便意味着，虽然按照成吉思汗的遗嘱，窝阔台将成为整个帝国的汗王，但其本人实力却远低于弟弟拖雷。这一看似矛盾的处理，体现了成吉思汗的另一观念，即：他认为汗位是属于整个黄金家族的，而不只属于自己。所以，在自己的财产继承上，他遵循“幼子守产”的习惯法。但在汗位的继承上，他不愿意以“幼子守产”的方式进行，而采取以贤能而定的方法。如此处理，在成吉思汗看来，就是将公与私分别按各自的原则处理，是最妥当的。
第二道遗嘱
成吉思汗一生发动的最后战争，就是对西夏的战争。当时他已生病，但仍然不顾自己的身体状况，一定要攻下西夏。
成吉思汗于1225年冬天开始做出征西夏的准备，1226年秋天率大军出征，在途经阿儿不合地区的时候，时间已到了冬天。有一天，成吉思汗所骑红沙马突然受到一群野马的惊扰，将成吉思汗摔了下去。成吉思汗被摔得很重，他的儿子及部属们建议回师，等成吉思汗身体好了，再去征讨。但成吉思汗不同意，说：“如果我们这样回去，唐兀(即西夏)百姓会认为我们胆怯。我们先派使者去，看他们有何话说。”这其实是西夏免除兵祸的一个好机会。
按照成吉思汗的命令，使者责备西夏国王不仅不履行诺言发兵，而且恶言挖苦，如今蒙古大军要和他们算账。
西夏国王听了，有所畏惧，说：“我没有说过挖苦的话。”
但他的掌权大臣阿沙？敢不又冒了出来，挑衅地说：“我是说了挖苦的话，你们又能怎么样？若想与我厮杀，就到贺兰山来战。要想得到金银缎匹，就到我们西凉来取！”说完，就把使者打发回去。
成吉思汗听了使者的汇报，觉得受了侮辱，说：“他们竟敢说这样的大话，我们还怎么能回去呢？哪怕是死，也要攻打他！”马上降旨：“把勇猛敢战、有地位的唐兀人杀掉！战士们可以各取其擒获的唐兀人。”
紧接着，成吉思汗扶病率军进发，直攻西夏，势如破竹，将驻扎在阿拉善的阿沙？敢不击败，并俘获了这位屡次挑衅的西夏大臣，使其沦为奴隶。
大军继续进发，攻陷西夏重镇西凉府。西夏国王献宗惊忧而死，其侄南平王即位，是为西夏末帝。
当年十一月，蒙古大军已夺取灵州，进围西夏首都兴庆府。被围半年后，兴庆府粮尽援绝，西夏末帝被迫遣使乞降。而在这个时候，成吉思汗的病情也加重了，天气炎热，他不得不到六盘山避暑。
眼见着自己将一病不起，这都是不忠的西夏人导致的。成吉思汗愤恨不已，他决心要把出尔反尔的西夏消灭干净，杀死！而他本人却不能亲手做到了。所以，他留下了第二道遗嘱：一方面令部属隐瞒自己的死讯，使西夏人不再改变投降的主意，使其国王亲自来到蒙古大军的营帐，另一方面，他又密令，要将唐兀人，自父母及其子孙，全部斩尽杀绝，作为他遗体前的祭品。
1227年8月18日，成吉思汗死于六盘山附近的清水县，终年66岁。成吉思汗的部下严格执行他的遗嘱，秘不发丧，等西夏最后一个皇帝来到大汗帐篷外行礼时，以为成吉思汗只是生了病不能见他。三天后，西夏末帝被杀。蒙古大军进入兴庆府(即今宁夏银川)后，大肆屠杀。
在成吉思汗的第二道遗嘱下，西夏被灭，从此再未复苏。
第三道遗嘱
《元史》卷一中记载了成吉思汗的第三道遗嘱：
成吉思汗临崩谓左右曰：“金精兵在潼关，南据连山，北限大河，难以遽破。若假道于宋，宋、金世仇，必能许我，则下兵唐、邓，直捣大梁。金急，必征兵潼关。然以数万之众，千里赴援，人马疲弊，虽至弗能战，破之必矣。”言讫而崩，寿六十六，葬起辇谷。
成吉思汗临终前仍念念不忘自己的恢弘事业。他令人惊奇地在咽下最后一口气前，竟如此清晰地说出一个关系着蒙古、金、南宋三个大国的生死存亡的作战方略。这一道最后遗嘱是非常完备的，其主要策略是避实击虚、以逸待劳、联宋灭金，而隐含的策略还有假道灭虢，即先借宋朝的道路灭掉金国，然后返回头来再灭宋。不仅如此，成吉思汗还非常具体地指出了出兵的路线，并按照南宋与金国的关系，指出方案可以实施的现实依据。
金国是女真族建立的王朝，崛起于黑龙江流域，曾一度辉煌，灭辽国、灭北宋，同时也迫使蒙古各部落向其称臣，接受其苛刻的领导与无情的摧残。成吉思汗的祖先就曾被金人所杀，所以与金国有不共戴天的世仇。
西夏被灭后，金国感受到强大的压力，于是遣使向成吉思汗求和。据《元史》记载，成吉思汗在金国使节面前使了一个障眼法，对群臣说：“朕自去冬五星聚时，已尝许不杀掠，遽忘下诏耶。今可布告中外，令彼行人亦知朕意。”就是说，让金国知道，他蒙古大军将不再杀掠，以此来麻痹金国。而事实上，成吉思汗将金国所献的珠宝分赠于将领的同时，又对将领们说：“他们杀死了我们的祖先，应该把他们的男子做我们的仆役，把他们的女子做我们的侍女。”由此可见，成吉思汗已下决心灭掉金国。深思熟虑之后，成吉思汗在生命的最后时刻，将已经成熟的计划告诉了他的儿子及亲信。这便是成吉思汗第三道遗嘱的主要前因。
至于此遗嘱的成果，则出现在窝阔台继位后。蒙古大军按照成吉思汗的遗志，发动了对金国空前强大的攻势。整个战略部署也完全按照成吉思汗的遗嘱进行。最后灭亡了金国。