清代皇帝的后妃虽然有太监和宫女整天伺候着，但终日禁锢在深宫之中，大多过得并不幸福，尤其身为一国之母的正宫皇后，看似地位很高，但上面还有太后，加上皇帝妃嫔成群，处理不好各方面的关系，动辄得咎，被皇帝废除甚至处死，都是有极可能的。其中有五位正宫皇后的死，仍然迷雾重重，迄无定论。
一是入关第一帝——顺治皇帝的第一位皇后博尔济吉特氏
顺治的第一位皇后博尔济吉特氏，是顺治皇帝生母孝庄文皇后的亲侄女，与顺治皇帝是典型的姑舅成亲，顺当皇帝对他的这位表妹一开始就不看好，但母亲孝庄和摄政王多尔滚从稳定后方的大局出发，都主张他迎取出自蒙古科尔沁的博尔济吉特氏为皇后。顺治八年(1651)八月十三日，顺治与表妹在紫锦城举行了结婚大典。
但仅仅两年，16岁的顺治皇帝就提出废除皇后博尔济吉特氏，虽然群臣激烈反对，但最终也没有扭过桀骜不逊的顺治皇帝，皇后博尔济吉特氏被废除，降为静妃，改居侧宫。皇后被废除的原因，用顺治帝自己的话说，一是她嫉妒心太强并且心肠狠毒，看到比自己漂亮的妃嫔，就非常憎恨，必欲置之死地而后快;二是非常奢侈，吃饭的用具必须是金制的，穿戴所用的金银首饰也特别讲究。
后来这位被废的皇后怎么死的，埋在什么地方，都没有人知晓。顺治皇帝的后妃都葬在了清东陵，且都有姓名记录，但唯独没有这位废后。也有人说她被降为静妃后，被赶回了娘家，并且当时已经怀孕，后来还生了一个男孩。是否果真如此，则只有天知道了。
说来也怪，后来所立的皇后——孝惠皇后，却是废后的亲侄女，而且顺治的两位妃子——悼妃和淑惠妃，分别是废后博尔济吉特氏的堂姐妹和孝惠皇后的亲姐妹，清朝初期皇帝的婚姻关系就是这么乱。
二是雍正皇帝的生母乌雅氏
雍正皇帝的生母乌雅氏自幼入宫，服侍康熙皇帝，生育雍正后，被封为德嫔，后来又晋升为德妃。其实康熙皇帝生前，她是没有当过皇后的，康熙皇帝死后，儿子当了皇帝，她就被尊为皇太后，这也是清朝的惯例。
但就在康熙死后半年时间，被尊为皇太后不久的乌雅氏也去世了。《清会典事例》说她的死因是“哀恸过甚，体常违豫，及送梓宫至陵，事毕回京，积哀莫解”，也就是说她是因为康熙去世哀伤过度而死。
但据传说，这位乌雅氏不是正常死亡，而是自己撞死的。因为雍正继位后，与自己的同母兄弟、康熙皇帝的十四子允禵关系搞得很僵，被夺去兵权的允禵从西北被召回京后，乌雅氏想见自己的小儿子一面，雍正皇帝不但不答应，还非常生气，皇太后就气得撞在铁柱子上而死。
雍正上台后，对兄弟们大开杀戒，众兄弟被杀戮的杀戮，圈禁的圈禁，众兄弟的党羽们便多方造谣，说雍正杀子屠兄、弑君鸩母。至于他的母亲“撞柱而死”，是别人给他造的谣，还是确实有其事，也只能永远是一个谜了。
三是道光皇帝的第三位皇后、咸丰皇帝的生母孝全成皇后
孝全成皇后钮祜禄氏，是继道光皇帝的两位皇后——孝穆成皇后和孝慎成皇后死后确立的第三位皇后，她比道光皇帝小26岁，是乾清门二等侍卫、一等男(爵位)颐龄的女儿。据说她跟随父亲在苏州长大，非常聪明，曾模仿七巧板，用木块制作并排成“六和同春”四字，作为宫中新年的玩具，且宫中过节时的苏造糕、苏造酱等，也都是因她亲自仿制而得名。她被确立为皇后之后，也极受道光皇帝的宠爱。但道光二十年(1840)正月十一日，皇后钮祜禄氏却突然死亡，年仅33岁。
对她的死也是众说纷纭，有一种传说称，她为了让自己的儿子奕詝——即后来的咸丰皇帝将来能够继承大统，就在自己的宫中摆下毒鱼宴，想把别的皇子一块毒死，为儿子继承帝位扫清障碍。奕詝比较忠厚，不忍心兄弟们被害，就暗示他们也不要吃鱼，孝全的阴谋没能得逞。阴谋败露后，皇太后大怒，赐她立即自尽。孝全皇后死时还很年轻，死得又比较突然，野史中所传也许并非空穴来风。
四是与慈禧一同垂帘听政的慈安皇太后
慈安是咸丰皇帝的第二位皇后，第一位皇后是孝德皇后萨克达氏，实际这位萨克达氏一天皇后也没有当过，她是于道光二十七年二月，由道光皇帝指配给皇四子奕詝为嫡福晋的，可惜她红颜薄命，婚后一年就死了，一个月之后，奕詝登基，就是咸丰皇帝，第二天就追封她为孝德皇后。
慈安于咸丰二年(1852)二月被封为贞嫔，五月晋升为贞贵妃，十月被立为皇后，当时才16岁。咸丰十一年十月，咸丰帝死在热河避暑山庄，年仅六岁的同治皇帝即位，她和懿贵妃那拉氏同时被尊封为皇太后，因为二人分别居于东宫的钟粹宫和西宫的储秀宫，所以被称为慈安东太后和慈禧西太后。
咸丰皇帝死后，两位太后联合在京的小叔子——恭亲王奕发动辛酉政变，打败了顾命八大臣，开始了两宫皇太后的垂帘听政。当了十三年皇帝、年仅19岁的同治帝死后，慈禧让年仅3岁的载湉继承帝位，这就是光绪皇帝，慈安和慈禧两位太后开始二度垂帘。光绪七年(1881)三月十一日，正当盛年的慈安太后猝死于钟粹宫，终年45岁。
关于慈安的死，传说是被慈禧害的。据传，咸丰帝临死前，曾留一道密旨给忠厚老实的慈安，以约束慈禧。慈禧趁慈安患病之机，通过割手臂上的肉入药给慈安熬汤喝，使慈安大为感动，就把先帝留给自己的密旨拿出来，当着慈禧的面烧毁。密旨烧毁后，慈禧更加肆无惧惮，最终用点心把慈安毒死，并不许王公大臣瞻仰慈安的遗容。
慈安太后到底怎么死的，看来也只能永远是一个谜了，实事求是地讲，慈安的才能与慈禧相差甚远，所谓两宫垂帘听政，实际上做主的主要是西太后慈禧。传说归传说，假如慈禧太后想毒死慈安，有没有那道密旨又有什么关系呢？
五是同治皇帝的皇后阿鲁特氏
阿鲁特皇后是清代少有的满人状元——崇绮的女儿。同治皇帝于同治十三年十二月初五死去，皇后阿鲁特氏被两宫皇太后封为“嘉顺皇后”，第二年，也就是光绪元年的二月二十日，嘉顺皇后死在了储秀宫，年仅22岁，距同治皇帝的死才75天。
当初，选阿鲁特氏入宫立为皇后，也是慈安太后的意思，而慈禧看中的却是慧妃富察氏。最终让同治帝做出选择时，他还是与慈安站在了一边，选择了阿鲁特氏。虽然慈禧是同治帝的生母，但据说小皇帝跟亲生母亲的关系大不如跟慈安太后的关系好，这也可以理解，因为慈禧的权力欲太强，在处理政务上与皇帝发生冲突是在所难免的。
在日常生活中，慈禧太后对皇后阿鲁特氏也很不好，经常对其进行刁难，这除了富察氏没有按自己的意思被选为皇后外，也有政治上的原因。阿鲁特氏的外祖父端华是咸丰临终前选定的“赞襄政务八大臣”之一，在“辛酉政变”中被慈禧打倒并赐在家自尽。事情虽然已经过去十年，但无论慈禧也好，皇后阿鲁特也好，都不可能把此事忘掉。据说皇后阿鲁特氏是一个非常有主见的人，身边的太监宫女也曾劝她多顺着慈禧，但她说自己是奉天地祖宗之命从大清门抬进来的，谁也不能把自己怎么样。这话正剌中了慈禧的痛处，就对她恨得咬牙切齿，因为只有迎娶皇后才能走大清门，而慈禧入宫时才是贵人，在宫中级别较低。
同治皇帝死后，慈禧立了与同治帝同辈的载湉为皇帝，而光绪帝载湉的生母就是慈禧的亲妹妹，同治与光绪既是叔伯弟兄，又是两姨弟兄。这样阿鲁特氏在宫中就成了新皇帝的皇嫂，地位非常尴尬，最后只能选择去死，追随同治皇帝于地下。
关于她的死，也是扑朔迷离，有说她是吞金而死的，有说她是绝食而死的。《老太监的回忆》中这样记载：“同治驾崩，光绪继位，同治皇后以弟继兄位，感觉自己在宫中无位置，遣太监问计于父亲。其父崇绮进一加封食盒，开启之后乃是空盒，于是同治皇后绝食殉节。”而《清代野史》中却说皇后“以片纸请命于父亲崇绮，父批一'死’字，殉节之志遂决。”怎么殉的节却没有说。两宫皇太后当天给内阁的谕旨说她“痛经大行皇帝龙驭上宾，毁伤过甚，遂抱沉疴，遽于本日寅刻崩逝。”至于怎么死的，更是讳莫如深。
不管怎么样，阿鲁特皇后是死了，慈禧总算扫除了自己继续垂帘听政道路上的障碍，因为若立小字辈的为帝，那垂帘听政的应该是太后阿鲁特氏，而不是太皇太后慈禧和慈安了。