为防止袁世凯擅权复辟，孙中山在宣布辞去临时大总统时曾下了三道“紧箍咒”：一是迁都南京，二是袁世凯南京就职，三是保证遵守《临时约法》。
1913年3月20日晚上十点左右，上海沪宁火车站内灯光黯淡，在黄兴、于右任等人的陪同下，宋教仁走出站方为新当选议员们特别预备的候车室，准备登上北上的火车进京。但就在众人走到检票处时，斜里突然窜出一条黑影，接着就是“砰”、“砰”几声枪响，走在队伍前面的宋教仁表情痛苦，他扶着身边的铁栅栏，忍着痛叫道：“我中枪了！”
事发突然，众人一片惊呼，凶手却是身手敏捷，一转眼便消失在濛濛夜色之中。等到大家醒悟过来时，宋教仁已经歪倒在冰冷的地面，双手还紧紧捂着受伤的腰部，鲜血汩汩而出。很明显，凶手的行刺对象非常明确，那就是当晚的焦点人物宋教仁。
凶手为什么选择这一时刻行刺？要知道，宋教仁此次北上，正有一桩极大的事情要办——那就是进京组阁，并极有可能出任新一任内阁总理。说起这事，还要从上一年的国会选举说起。武昌起义爆发后，在经过反复的战争、谈判和各种各样的钩心斗角与幕后交易后，国内各方势力最终达成协议：清帝退位，孙中山退职，袁世凯接任临时大总统。在这近半年的风云变幻中，清室完败、革命党虚胜，以袁世凯为代表的北洋系大获全胜。
但是，袁世凯虽然获得了最终的胜利，但“总统”的前面毕竟还有“临时”二字。换句话说，他当时所取得的一切只是过渡性的，要成为真正意义上的大总统，或者说让新生的民国走上正轨，还有待其他的制度建设，而其中最重要的，莫过于国会选举。
为防止袁世凯擅权复辟，孙中山在宣布辞去临时大总统时曾下了三道“紧箍咒”：一是迁都南京，二是袁世凯南京就职，三是保证遵守《临时约法》。为迫使袁世凯就范，孙中山派出蔡元培、宋教仁等人作为“迎袁专使”亲赴北京，但就在专使团来到京城的次日晚上，曹锟所部北洋第三镇突然爆发“兵变”，北京乃至北方局势陷入“混乱”，袁世凯南下就职与迁都之事也就不了了之。
好在革命党人还有第三道“紧箍咒”，那就是《临时约法》。按《临时约法》规定，正式的国会选举应当在其施行后的10个月内举行，也就是说，应在1913年2月之前完成。只有在正式的国会选举完成后，才能产生真正意义上的中华民国的第一任大总统，而只有在正式大总统产生之后，新生的民国才能获得世界各国特别是列强们的承认。对此，袁世凯是非常积极的，在1912年8月，临时参议院即通过了《中华民国国会组织法》、《参议院议员选举法》、《众议院议员选举法》三个法案，以便着手准备国会选举。
按民国初年《临时约法》的政治构架，国会产生后，除选举新的大总统外，新一任内阁将由国会选举中获胜的政党来组织，而内阁总理也一般由获胜的政党党魁担任。按此制度设计，大总统统领全局，但具体的行政权却是由内阁总理掌握，大总统的命令非经内阁总理与阁员的副署不能生效。由此，国内各派政治力量都在国会选举前铆足了劲，力图在即将到来的国会选举中旗开得胜，大展宏图。
选举是政党政治。民国成立后，各类政党如雨后春笋般成立，据不完全统计，民初各类社团与政党有数百个之多，在这些政治力量中，孙中山、黄兴、宋教仁等革命党人领导的同盟会成为民国初年势力最大的政党，隐然执政坛之牛耳。为与同盟会竞争，其他新生党派掀起了大规模的并党浪潮，如在临时参议院改选中一时雄起的共和党，就是由统一党、民社、国民协进会、民国公会等几个政团合并而成，而其目的就是要在临时参议院及国会选举中联合对抗同盟会。
共和党成立于1912年5月，成立之时，党内名人辈出、人才济济，其中理事长为副总统黎元洪，张謇、章太炎、伍廷芳、那彦图为理事，另外选出的54名干事不乏当时的知名人物，如熊希龄、范源濂、程德全等。因为其政治取向偏于维护统一共和、支持中央集权主义，因而颇受袁世凯的青睐。共和党成立后，其在全国各地积极设立分部，发展党员，据称加盟者一度超过了十万人。
在此形势下，同盟会感到了莫大的压力，宋教仁随后提出改组同盟会，并打算像共和党一样将其他政治主张接近的党派合并而入。作为革命党人主要领袖的孙中山、黄兴在辞去公职后，政治上一度消极，他们对宋教仁的主张既不反对，但也不十分热心，由此让宋教仁得以施展手脚，对同盟会进行了一次大规模的组织更新。
在当时的临时参议院中，由蔡锷、吴景濂、谷钟秀等人组织的统一共和党占据了一定议席，与同盟会的立场也相对接近，由此成为同盟会的争取对象。这时，以清末名臣岑春煊为首的国民公党及另外两个小党派共和促进会和国民共进会也派出代表到京参与合并谈判。不过，这几个党派并不希望被人认为自己是被吞并，因而主张不用同盟会原来的名号。另外，他们也不赞成同盟会过于激烈的主张，譬如民生主义中的平均地权、男女平权等。
在宋教仁的多方斡旋下，同盟会最终接受了这几个党派所提出的条件，同盟会、统一共和党等五党于1912年8月宣布合并成立新的国民党。合并后的国民党，干部队伍空前强大，会上共选出孙中山、黄兴、宋教仁等9人为理事，孙中山被推为理事长。另外，大会还选出29名参议，其中包括著名的革命党人，如胡汉民、柏文蔚、李烈钧、张继、于右任、马君武等人。会后，宋教仁不无得意地说：“自斯而后，民国政党唯我独大。共和党虽横，其能与我争乎？”
话虽如此，梁启超在当年10月的回归给即将到来的国会选举增加了不小的变数。梁启超是戊戌变法中的大名人，又是一个大才子，在清末启蒙运动中享有盛名，其在国内拥趸众多。后来，一些党派如共和建设讨论会、国民协会、共和统一党等团体即在他的策划下合并成立民主党，一时间形成国民党、共和党、民主党三足鼎立之势。
辛亥革命后，原革命党领袖孙中山和黄兴刻意淡出政坛，但代理党务的宋教仁却异常积极，他在10月中旬后离开北京南下，前往各省布置国民党的选举事宜。在宋教仁的努力下，国民党在各地的选举动员会都开得非常成功，特别是宋教仁的演说更是极具魅力，吸引了诸多的民众前来听讲。
事实上，前来聆听宋教仁演说的除国民党员、新闻记者和普通民众外，也混杂着袁世凯派来的探子。每次宋教仁演说完毕，袁世凯总能通过各种渠道了解到国民党的最新动向。有一次宋教仁在演说中称：“我们此时虽然没有掌握着军权和治权，但世界上的民主国家，政治的权威是集中于国会的。所以，我们要停止一切运动，来专注于选举运动。
我们要在国会里，获得半数以上的议席，进而在朝，就可以组成一党的责任内阁;退而在野，也可以严密监督政府，使它有所惮而不敢妄为;应该为的，也使它有所惮而不敢不为。现在接到各地的报告，我们的选举运动是极其顺利的，袁世凯看此情形，一定忌克得很，一定要钩心斗角，设法来迫害我们，陷害我们。我们要警惕，但是我们也不必惧怯。他不久的将来，容或有撕毁约法、背叛民国的时候，我认为那个时候，正是他自掘坟墓、自取灭亡的时候。到了那个地步，我们再起来革命不迟。”
宋教仁的这段话深刻揭示了民主政治中关于立法权至上、权力制衡的真谛。他试图领导国民党夺取国会选举胜利并组织完全政党内阁的想法，也可以称得上是教科书式的经典范例。据说，袁世凯在听到这段话后很不高兴，他对身边幕僚愤愤然地说：“噫！宋教仁还想组建政党内阁吗？何相逼如此之甚也！”
袁世凯是北洋系的开山鼻祖，北洋军即由其一手打造，但在慈禧太后死后，新上台的摄政王载沣将他一脚踢回老家养病，如果不是武昌起义的话，他极可能终老林下，毫无作为。但在辛亥之变中，袁世凯借机东山再起，将清廷与革命党玩弄于股掌之间，并最终攫取了革命成果，当上了中华民国临时大总统。
但是，袁世凯虽然是新派人物，底子却是旧官僚，对于革命党人在《临时约法》中所主张的内阁制，他是既不理解，也不赞同。据说，袁世凯曾不只一次地对身边人说：“总统、总理、总长，三个都是‘总’，可到底谁说了算？”对于民初政治体制中的三权分立、权力制衡，袁世凯更是感到极不适应。他向手下一位要员曾“精辟”地大发牢骚：“民主就是无主，共和就是不和！”
尽管有种种不满，但由于民国刚刚建立，袁世凯也不敢公然推翻《临时约法》，另搞一套，因此国内的政治仍旧按革命党人所设计的路径在往前推进，袁世凯也需要通过选举来证明自己的合法性。在各方努力下，民国初年的选举活动开始如火如荼的在全国各地逐渐开展了起来。
1911年年底，宋教仁回到桃源老家为母亲祝寿。由于选举日趋白热化，宋教仁顾不上与家人共度春节而于1913年2月1日离开家乡来到武汉，以指导国民党在各省的选举工作。在宋教仁的主持和积极奔走下，国民党在第一届国会选举中取得重大胜利。
当年3月，选举结果揭晓：众议院议员596人中，国民党当选269人;参议院议员274人中，国民党当选123席。换句话说，在参、众两院870个议席中，国民党占据392席，约占45%的比例。虽然没有获得超过半数的绝对优势，但他们所占的议席数已远远超过了其他政党，即使共和党、统一党和民主党三党联合，也不足以相抗衡，就连被袁世凯与立宪派寄予厚望的梁启超，其领导的民主党在这次国会选举中所得不过24席，俨然沦为了小党派。①
国会选举的胜利令国民党全党上下一片欢腾，也令宋教仁十分的激动。在他看来，胜利的曙光已在眼前，组阁的梦想即将实现，他将登上历史的大舞台，从在野的党魁进而在朝掌握权柄，与袁世凯展开宪政轨道上的较量。但是，他无论如何都没有想到，一个可怕的阴谋已经张开，巨大的危险正向他慢慢逼近。
再回到“宋案”现场。宋教仁中枪后，身体歪倒在旁边的铁椅之上，左手还紧紧地捂着受伤的腰部，等到黄兴、于右任等人赶到时，宋教仁已经痛得站不起身，而凶手却早已消失得无影无踪。察看了宋教仁的伤势后，黄兴等人一边组织人员报警追凶，一边派人就近寻找车辆。所幸的是，车站外停车场上就有一辆汽车，于右任等人慌忙将宋教仁扶上汽车，并令司机以最快的速度送往临近的沪宁铁路医院。
等到医院后，宋教仁早已是奄奄一息。经医生检查，子弹是从背后击入并斜穿到腰部，肾脏、大肠均被击中，由于伤势严重，院方认为必须开刀才有希望获救。为争取时间，宋教仁于凌晨零时30分送入手术室开刀，一番努力后，医生用钳子从小腹处取出子弹，但令众人意想不到的是——子弹上竟然有毒！